Psal se Petrus Codicillus, byl zván Petr Knížka (codicillus = knížka). Na univerzitě v Praze při studiu klasických jazyků byl žákem mistra Matouše Kolína z Chotěřiny; astronomii poslouchal u Jana Hortensia. Bakalářem se stal v r. 1552. Nějakou dobu byl pomocníkem na Kolínově soukromé škole v Praze, od r. 1553 spravoval školu v Žatci. V r. 1555 začal studovat na univerzitě ve Vitenberku, kde se stal žákem profesora řečtiny Filipa Melanchthona, předního německého humanisty a blízkého spolupracovníka Martina Luthera. Po návratu (1558) byl správcem školy u sv. Jindřicha (jedné z tehdy předních pražských latinských škol). V r. 1560 získal hodnost magistra a v r. 1561 se stal mistrem svobodných umění a začal učit na pražské univerzitě (řečtinu, dialektiku, matematiku, astronomii, vykládal antické texty). V l. 1564–65 byl děkanem artistické fakulty, v l. 1572–73 a 1583–89 rektorem univerzity. V r. 1586 vypracoval nový studijní řád pro městské latinské školy v Čechách a na Moravě řízené univerzitou – Ordo studiorum. K jeho školským textům patří především Libellus synonymorum Latinorum (rozšířené vydání stejnomenné práce Kolínovy), Grammatica Latina a první tištěná učebnice logiky českého původu Praecepta dialectices, v níž po svém zpracoval Melanchthonova Erotemata dialectices z r. 1547 a do jisté míry přihlédl i k dílu francouzského filozofa a matematika Pierra de la Ramée. (První česky napsaná učebnice logiky je dílem Šimona Gelenia Sušického, ta však do r. 1926 zůstala v rukopise.) K. byl stoupencem v českém prostředí tehdy převládajícího luteránského novoutrakvismu. V dolní konzistoři zastával funkci písaře. Podílel se na vypracování nového církevního řádu a především pomáhal připravit tzv. českou konfesi, tj. vyznání víry, jehož uznání chtěla česká šlechta prosadit u císaře Maxmiliana II. (Česká konfese z r. 1575 byla kompromisem husitské tradice, augšpurské konfese a českého bratrství. Na jejím základě vydal císař Rudolf II. v r. 1609 svůj Majestát zaručující náboženskou svobodu, a to i poddaným.) Ve své době byl K. uznáván i jako latinský básník. – Před K. reagoval v Praze na Melanchthonovo učení (spis De anima) M. Šebestián Aerichalcus z Přeštic (1515–1555), v l. 1551–53 rektor UK, v didaktické básni Descriptiones affectuum.
Při studiu logiky (jíž se na artistické fakultě věnoval první ročník) se posluchači měli seznámit především s definováním, „rozdělováním“ (tříděním pojmů), se spojováním důvodů pravdivých a vyvracením nesprávných. K. svůj spis o logice (dialektice) rozdělil na úvod – prolegomena (o úkolech a částech logiky) a na čtyři knihy. Knihu první věnoval zejména predicabiliím (tj. pojmům druh, rod, rozdíl, vlastnost a případek) a predicamentům – Aristotelovým kategoriím, druhou nauce o soudu („řeči oznamující, jediné a celé, vyjadřující pravdivost nebo nepravdivost bez dvojsmyslnosti slov“), třetí nauce o úsudku a čtvrtou nauce o důkazu. Při výkladu logické látky často přicházel k problematice noetické a metafyzické, např. k poučením o látce a formě, o druzích příčin, o smyslovém poznání, o omylech různých filozofických „sekt“ aj. Aristotelovi a jeho sektě (peripatetikům) vytýkal, že neučili o tom, že k ctnosti jako cíli života lze dospět jen prostřednictvím Boha, který pečuje o vše stvořené, že nemluvili o počátku (Božím stvoření) světa, že nebe považovali za pátou bytnost (podstatu), že pochybovali (a tudíž i jiné nechávali v pochybách) o nesmrtelnosti duše. (Aristotela si K. stále velmi vážil; nedostatky jeho filozofie omlouval i tím, že Aristoteles při řešení těžkých problémů neměl k dispozici slovo Boží.)